Adım 1:
administrator ve default adında iki module oluşturun.

adım 2:
her iki module’nin altındaki views klasörünün altına layouts/scripts klasörünü oluşturun.

Adım 3:
library klasörünün altında My klasörünü bu klasöründe içine Layout.php dosyasını oluşturun ve aşağıda verdiğim classı yazın;

Adım 4:
application/configs/application.ini dosyası içerisinde şu düzenlemeleri gerçekleştirin
resources.layout.layout = "layout"

; Eklentiyi kayıt ediyoruz.
autoloaderNamespaces[] = "My_"
resources.frontController.plugins[] = "My_Layout"

Adım 5:

 Application/Bootstrap.php dosyasının içine aşağıda vermiş olduğum kodları yazın

protected function _initAutoload(){
   $loader = new Zend_Application_Module_Autoloader(array(
        'namespace' => '',
        'basePath' => APPLICATION_PATH . '/modules/'
    ));
    return $loader;
}
protected function _initPlugins(){
   $this->bootstrap('frontcontroller');
   $fc = $this->getResource('frontcontroller');
   $fc->registerPlugin(new My_Layout());
}

Böylelikle module özel birbirinden bağımsız layout konfigürasyonu yaptık.